Qu'est-ce qui se trame ?

Le cerf élaphe (Cervus elaphus), plus grand mammifère sauvage français, est une espèce avec des domaines vitaux de 1000 ha (femelles) à 10 000 ha (mâles) et une capacité de dispersion allant jusqu’à 100 km. En Ile-de-France (IDF), d’après les naturalistes, l’urbanisation et la fragmentation induite par les infrastructures de transport (IT) auraient scindé les populations de cerf, créant 8 noyaux au sud et 3 au nord (figure 1). Cette fragmentation peut diminuer les flux de gènes entre populations conduisant à une perte de diversité génétique qui pourrait induire une limitation de la capacité d’adaptation des populations aux variations environnementales. Toutefois, la construction de passages à faune devrait permettre une reconnexion entre les populations, limitant ces effets. En IDF, plusieurs voies de transports ont été pourvues de passage à faunes (inférieurs et supérieurs). L’objectif de cette thèse était d’étudier l’éventuelle structuration génétique des populations de cerfs en IDF, en liaison avec l’anthropisation.

Grâce à la collaboration de trois Fédérations de chasse (77, 60 et IDF), 345 échantillons répartis sur 10 des 11 populations géographiques ont été analysés à l’aide de 17 microsatellites. Pour déterminer la structuration génétique, une analyse discriminante en composante principale et une méthode de clustering ont été utilisées. Ces approches permettent de visualiser les populations géographiques échangeant des flux de gènes et celles isolées des autres (barrières). Parallèlement, une modélisation du paysage et de ses composantes (forêt, champs, IT, passages à faunes) afin d’identifier des chemins de moindre coût entre les populations a été faite. L’ensemble de ces analyses permettra d’évaluer le poids de chacune des composantes du paysage sur la structuration génétique. Résultats :
1. Structuration génétique : 3 grands groupes génétiques (en gris sur la figure 2), structurés en 2 sous-groupes (en bleu sur la figure 2) ont  été mis en évidence. L’analyse fine des résultats semble indiquer que les barrières entre populations ne sont pas totalement imperméables et que des flux de gènes limités existent entre les populations.
2. Corrélation entre les distances génétiques et le paysage : 6 composantes paysagères (forêts, champs, cours d’eau principaux (Seine et Oise), zones urbaines, IT et passages à faunes) ont été considérées. Les résultats montrent que : les IT sont imperméables aux flux de gènes et ce quel que soit le type d’IT ; les jumelages d’IT ont un effet bien plus important que les IT seules ; les passages à faunes permettent de maintenir les flux de gènes même s’ils ne sont pas aussi perméables que les forêts ou les champs ; les passages à faunes supérieurs et les viaducs sont plus efficaces pour rétablir les continuités écologiques par rapport aux passages inférieurs étroits.

Conclusion : les infrastructures routières et ferroviaires sont des barrières aux flux de gènes d’autant plus si elles sont jumelées. De plus, les passages faune permettent bien de rétablir les flux de gènes avec les passages de type viaduc et supérieurs qui apparaissent clairement les plus efficaces. Toutefois, notre étude est une image à un instant « t » et il n’a pas été possible d’avoir une vision dans le temps de l’évolution des populations. Ainsi, l’étude pourrait sous-estimer à la fois l’impact des IT comme barrières aux flux de gènes et celle de l’efficacité des passages faunes à faciliter ces flux de gènes.

Ce travail a été financé par une bourse CIFRE en partenariat entre VINCI-autoroutes COFIROUTE et le Parc Naturel Régional de la Haute Vallée de Chevreuse.