Le croisement des deux types d’espaces à l’échelle de chacune des régions permet de mieux comprendre comment les deux politiques interagissent sur l’ensemble du territoire. Un croisement cartographique entre les éléments constitutifs de la Trame verte et bleue (TVB) et du réseau Natura 2000 a permis un calcul des proportions de recouvrement des deux types d’espaces. Ce croisement met ainsi en évidence une forte intégration de la politique Natura 2000 dans la TVB : la mise en œuvre de cette dernière garantit donc le maintien ou la restauration d’un bon niveau de connectivité du réseau Natura 2000. L’articulation entre les deux politiques est cependant fortement hétérogène d’une région à l’autre, tant au niveau des taux de recouvrements que de l’organisation spatiale d’un réseau par rapport à l’autre. Des pistes d’interprétation sont proposées pour les différents cas de figure rencontrés.

Le service du patrimoine naturel du Muséum national d’Histoire naturelle a été sollicité par le Ministère en charge de l'écologie pour formuler des propositions afin de préciser les contours de trois des critères de cohérence nationale. Ce rapport présente les propositions relatives au critère ciblant des espèces. Ces propositions s'appuient sur l’élaboration d’une liste régionalisée de 118 taxons sélectionnés selon la responsabilité nationale des régions et pour leurs besoins de continuités écologiques.